每年度獎項選拔時程：1.申請：4~5月至中小企業創新研究獎官網，線上填寫資料及上傳相關附件2.資格審查：6月時由創新研究獎工作小組進行基本資料審查。若有缺件者，應於通知指定期限內完成補件。3.書審及實地訪審：7~8月各組初審委員針對申請標的進行書面審查。書面審查通過者，將進行實地訪審作業。4.決審：9月決審委員進行審查，並決議本屆獲獎名單。5.公開表揚：11月邀請經濟部部長頒發獲獎證書及獎牌。