如果前案仍在執行中，則基本上仍然可以申請新案，惟有幾點事項是必須要注意的：
• 如果舊案是phase1階段，而新案為舊案之phase2，須待Phase 1結案且經Phase 1委員同意後，始得申請Phase 2。審查委員會藉由評估phase1的執行成效，以判斷後續計畫是否值得開發，進而降低廠商投入計畫所需負擔之風險。
• 如果新案與舊案是不同的計畫，則必須考慮到經費與人力的限制：
1. 經費部份：每一年度則所有計畫的補助款上限不得超過500萬元（個別申請）。例如舊案在95年度的計畫補助款為200萬，96年度為300萬元，則新案在95年度的補助款上，不能超過300萬元，96年度不能超過200萬元， 依此去反推計畫全程的補助款上限；然而較為特殊的狀況是，如果舊案是以研發聯盟來申請，而非個別申請，則補助款就不受每年度500萬的限制。
2. 人力部份：如果舊案某一研發人員再度編列於新案中，則必須注意到每年同一個研發人員最多只會有12人月的編列，舉例來說，如果96年該名研發人員在舊案已編列8人月，則在新案中同一名研發人員最多只能編列4人月（個別申請與研發聯盟皆為同一標準計算）。